No segundo capítulo, é contada a história da morte de Raphael: a primeira sequência mostra Raphael entrando no apartamento de April e Casey, mas já ferido. É revelado que foi feita uma trégua entre o Clã do Pé e as Tartarugas, mas o clã quebrou o trato e emboscou o grupo, atacando e ferindo Mestre Splinter fatalmente.
Como todas as tartarugas ninjas morreram?
Leonardo, Raphael e Donatello, três dos vigilantes informalmente conhecidos como Teenage Mutant Ninja Turtles, morreram em circunstâncias misteriosas nas mãos do neto de seu arquiinimigo, o Shredder. A data exata e a causa das mortes de Leo, Raph e Donny, como eram carinhosamente conhecidos, não foram reveladas.