O tratamento para afta inflamada na garganta pode ser feito com pomadas corticoides e anti-inflamatórias tópicas como, por exemplo, a Omcilon-A ou a Gingilone ou com pomadas anestésicas tópicas como Xylocaína pomada 5%, prescritas pelo médico, que podem ser aplicadas com o dedo ou com a ajuda de um cotonete.