Vamos ao seu problema: no seu caso, possivelmente o fato de o tênis ter ficado molhado deve ter facilitado a proliferação de fungos. O ideal é usar um desinfetante em spray como Lysoform, que mata fungos e bactérias. Ele deve ser usado com moderação, gradativamente, de forma que o cheiro vai saindo aos poucos.
Como lavar tênis que pegou chuva?
Para uma limpeza simples, use um pano úmido com sabão neutro e passe em volta. Não precisa fazer muita força, apenas para retirar a sujeita. Lavagens mais duras comprometem a durabilidade do tênis. E para uma limpeza mais pesada, vai depender muito do material do seu tênis.