No capítulo final, The Matrix Revolutions, Mr. Smith ganha um poder absoluto que foge ao controlo das máquinas e lhe permite gerir a “Matrix” à sua vontade. Neo desloca-se à cidade das máquinas e depois de vencer as suas defesas oferece-se para destruir Smith em troca da paz.
O que significa o final de Matrix?
No final, resta ao Arquiteto reconhecer que a Oráculo venceu, e que as máquinas finalmente vão dar um descanso aos seres humanos. Zion continua livre e o futuro de Neo fica nebuloso. Aparentemente ele morreu, mas também não parece que as máquinas se livraram dele simplesmente.