Vida pessoal. Atualmente, Pompeo está casada com o produtor musical Chris Ivery. Aos 39 anos, Ellen deu à luz sua primeira filha, Stella Luna, que nasceu em 15 de Setembro de 2009. Atualmente ela tem 3 filhos, Stella Luna Pompeo Ivery (2009), Sienna May Pompeo Ivery (2014) e Eli Christopher Pompeo Ivery (2016).