Isso acontece porque é justamente no cabeçalho ou no rodapé que a numeração é inserida. Caso você queira definir o formato da numeração (algarismos romanos, números negativos ou sequência alfabética), basta voltar à opção Inserir / Número de Página e escolher Formatar Números de Página.
Como mudar a cor do número de páginas no Word?
Clique em um marcador ou número em uma lista. Todos os marcadores ou números na lista estão selecionados. Na guia Página Principal, no grupo Fonte, faça as alterações que você deseja. Por exemplo, clique na seta ao lado de Cor daFonte e clique na cor que você deseja.